La mayor parte del municipio (el 31.61% de su superficie total) cuenta con un clima semiseco semicálido (BS1h), producto del efecto de sombra de lluvia orográfica que se forma por la sierra de Zongolica, ubicada entre el Valle y el Golfo de México.La ciudad de Tehuacán presenta un clima semiárido semiseco con una temperatura media anual de 18.6° C, con invierno fresco y una precipitación anual de 479.5 mm.
